C'était une promesse du gouvernement précédent : le contrôle administratif unique dans les exploitations agricoles est officiellement instauré, la circulaire prévoyant les modalités de son organisation ayant été signée il y a quelques jours par le Premier ministre et par la ministre de l'Agriculture.
Comme son nom l'indique, le contrôle unique a pour objet de limiter les visites des différents services de l'État dans les exploitations à une seule par an, chaque préfet de département ayant pour mission de coordonner les contrôles. Rappelons qu'actuellement, les exploitants agricoles peuvent faire l'objet, au cours d'une même année, de plusieurs contrôles qui portent notamment sur les produits phytosanitaires qu'ils détiennent, leurs bâtiments d'élevage, l'identification de leurs animaux, le respect des conditions d'octroi des aides Pac ou de la directive nitrate ou encore l'application de la police de l'eau. Avec le contrôle unique, la ministre de l'Agriculture entend ainsi supprimer des charges inutiles qui pèsent sur les agriculteurs et « renouer le lien de confiance indispensable entre l'État et eux ».
En pratique, le contrôle unique sera mis en oeuvre dans le cadre d'une Mission interservices agricole (Misa), placée sous l'autorité du préfet du département, qui devra organiser un programme général des contrôles en coordonnant les différents organismes et services administratifs concernés, à savoir les directions départementales (DAAF, DDTM, DDPP…), l'Agence de services et de paiement (ASP), les agences de l'eau, FranceAgriMer, la MSA, l'Office français de la biodiversité (OFB), etc. Concrètement, les préfets devront veiller à moduler les contrôles dans le respect d'un équilibre géographique et des exigences réglementaires propres à chaque contrôle, et en fonction notamment des périodes de travaux agricoles et des contraintes locales, saisonnières et climatiques. En fait, un seul de tous ces contrôles aura lieu au cours d'une même année dans une même exploitation agricole. Il n'y aura donc pas moins de contrôles, mais ils seront mieux répartis entre les exploitations et sur le territoire.
Parallèlement, les contrôles sur place seront remplacés, chaque fois que ce sera possible, par des contrôles sur pièces.